最近在上生物信息学相关课程,需要用到老师要求的一些R包,安装的时候各种问题,导致我一整天屁股都没咋挪过,试着发帖记录一下,以免以后换电脑(不)还要遇到相同问题——

igraph的安装

首先肯定是经典地

> install.package("igraph")

开始跑(TWO THOUSAND YEARS LATER)

1. 第一次的问题如下:

/bin/bash: 行 1: gfortran: 未找到命令

make: *** [/sur/lib/R/etc/Makeconf:191: vendor/arpack/dgetv0.o] 错误 127

ERROR: compilation failed for package 'igraph'

第一次的解决:

安装gfortran

#退出R

> q()

#安装gfortran

sudo apt install gfortran

安装完之后再进入R,开始第二次下载igraph。自以为很顺利,直到……

2. 第二次的问题如下

/usr/bin/ld: 找不到 -llapack:没有那个文件或目录

/usr/bin/ld: 找不到 -lblas:没有那个文件或目录

collect2: error: ld returned 1 exit status

make: *** [/usr/share/R/share/make/shlib.mk:10: igraph.so] 错误1

ERROR: compilation failled for package 'igraph'

第二次的解决:参考http://t.csdn.cn/x3PmT

#退出R

> q()

#安装找不到的家伙

sudo apt-get install libblas-dev liblapack-dev

然后再次进入R,安装igraph!成功!!

> install.package("igraph")

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