r语言 学习方法 生信跑cox出现错误

#Cox分析 Coxoutput <- NULL  for(i in 3:ncol(surv.expr)){   g <- colnames(surv.expr)[i]   cox <- coxph(Surv(OS.time,OS) ~ surv.expr[,i], data = surv.expr) # 单变量cox模型   coxSummary = summary(cox)      Coxoutput <- rbind.data.frame(Coxoutput,                                 data.frame(gene = g,                                            HR = as.numeric(coxSummary$coefficients[,"exp(coef)"])[1],                                            z = as.numeric(coxSummary$coefficients[,"z"])[1],                                            pvalue = as.numeric(coxSummary$coefficients[,"Pr(>|z|)"])[1],                                            lower = as.numeric(coxSummary$conf.int[,3][1]),                                            upper = as.numeric(coxSummary$conf.int[,4][1]),                                            stringsAsFactors = F),                                 stringsAsFactors = F) }

代码来自B站“小陈医生想躺平”

报错

Error in coxph(Surv(OS.time, OS) ~ surv.expr[, i], data = surv.expr) :

No (non-missing) observations

原因：res_deseq2的基因名为ENSG_id应改为gene_symbol

方法：重新运行差异分析代码后改为gene_symbol，解决

教训：不要在源文件上直接修改，在副本上改动

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